국내외에서 전국민이 호응하여 국채보상운동이 활발히 전개되자 기탁하는 의연금을 안심하고 맡길 수 있고, 운동을 성공적으로 추진할 수 있는 통합기구가 필요하게 되었다. 이에 4월 8일 李鍾一·金光濟·朴容奎·徐丙珪·李冕宇·吳榮根 등이 각 지방의 수금을 총관하는 통합기구로 國債報償志願金總合所를 설립하고 전문 29조의 국채보상지원금총합소규정과 공함을 발표하고 소장으로 韓圭卨을 추대하였다.

거의 같은 시기인 4월 초에 국채를 보상하기 위한 의연을 담당하는 총소가 없으면 실로 규합하기가 어려우므로, 각 사회와 13도 대표자들이 普成館에서 회동하여 國債報償聯合會議所를 조직하고 앞으로 聯合規則을 공간하기로 하고, 각 발기소에서 전후에 거둔 금액과 각 인명을 연합회의소에 보고하면 편집하여 월보로 간행하기로 하였다.⁰³⁹¹⁾≪皇城新聞≫, 1907년 4월 11일, 광고. 그리고 국채보상에 대한 일을 조사하기 위하여 國債報償調査會를 설치하고, 이에 대한 검사를 주관하기 위해 國債報償檢査所를 설립하였다.⁰³⁹²⁾李鉉淙,＜舊韓末 政治社會學會會社言論團體調査資料＞(≪亞細亞學報≫2, 亞細亞學術硏究會, 1966), 92∼93쪽.

그러나 국채보상운동을 추진할 기구가 실질적으로 통일되지 못하여 제 기능을 다하지 못하고, 오히려 의연금 수합에 경쟁이 일어났다. 그리하여 5월 말에 이르러 지원금총합소 검사원 李康鎬와 연합회의소 총무 김광제가 두 단체를 대표하여 특별회를 열고, 각 지방에서 수합한 금액은 지원금총합소에서 총관하고, 일반 국민의 국채보상에 대한 지도방침에 관한 일은 연합회의소에서 장악하기로 결의하였다.⁰³⁹³⁾≪大韓每日申報≫, 1907년 5월 28일, 잡보＜兩所歸一＞. 그러나 두 보상소가 의연기구를 대표하여 서로 협력하기로 하였을 뿐, 국채보상운동에 참가하는 온 국민을 영도해 나갈 통일기구의 설치는 실현되지 못하였다.⁰³⁹⁴⁾≪大韓每日申報≫, 1907년 4월 26일, 잡보＜中央聯合＞·＜月報將刊＞.
柳子厚, 앞의 책, 212쪽.
≪帝國新聞≫, 1907년 5월 28일, 잡보＜中央義務社＞. 그렇지만 이제까지 분산적으로 전개된 운동이 하나로 통합되어 조직적으로 전개되기에 이르러, 두 보상소의 주도 아래 많은 민중을 흡수하여 지도층과 민중이 결합되고, 각 지역별 지도자들이 통합되어 운동을 고조시켜 전국적으로 확대하여 나갔다.

당시 국채보상운동을 전국적으로 지도한 것은 국채보상지원금총합소와 국채보상연합회의소 임원들이었다. 그들은 대체로 소수의 고급 관료층과 지식인·민족자산가 및 상인층이었다. 지원금총합소와 연합회의소가 한규설·윤웅렬·김종한 등 전직 관료나 민족자산가를 소장으로 추대한 것은 각계각층의 국민들을 흡수하여 국채보상운동을 범국민적으로 전개시키기 위한 것이었으며, 또한 일제의 탄압을 피하려는 방략에서 비롯된 것이었다.⁰³⁹⁵⁾李松姬, 앞의 글, 25쪽. 그리고 재무처리를 韓一銀行長 趙秉澤·天一銀行長 金基永, 農工銀行長 白完赫, 漢城銀行 총무 韓相龍, 창고회사장 趙進泰 등 은행가들이 담당하고 있는 것은 의연금 관리의 공신력을 높이고 능률화를 도모하고자 한 것이었다. 방략상 관료층과 민족자산가들을 표면에 내세웠으나, 실제로 국채보상운동을 거국적으로 주도한 것은 애국계몽단체·학회·언론기관에서 활약하고 있던 지식인들이었다.⁰³⁹⁶⁾조항래, 앞의 글, 86∼90쪽.

국채보상운동에 의하여 모금된 의연금 액수를 살펴보면 운동이 시작된 지 1년 3개월이 지난 1908년 4월 30일 현재 대한매일신보사와 국채보상지원금총합소에서 수합한 의연금 총액은 14만 3천5백42원 33전이었으며,⁰³⁹⁷⁾金正明 編,≪日韓外交資料集成≫6－保護及び倂合(東京：巖南堂書店, 1964), 50쪽.
The Seoul Press, Sept. 30th, 1908 "The National Debt Redemption Fund：The Accused Acquitted." 주한 일본헌병대가 그 후 3개월이 지난 7월 27일 현재 집계한 의연금 총액은 18만 7천8백42원 78전 5리에 달하였다.⁰³⁹⁸⁾崔　埈, 앞의 글, 541쪽.

그러나 국채보상을 위한 의연금 갹출운동이 전국적으로 전개되자 일제 통감부는 이를 일종의 배일운동으로 단정하고, 온갖 모략으로 방해하고 간교한 탄압을 자행하였다. 그리하여 국채보상운동은 더 이상 진전되지 못하고 좌절되고 말았다.