동도서기주의적 입장에서 점진적 개화정책을 추진하던 조선정부는 동학농민전쟁으로 보다 적극적인 정치개혁을 단행하지 않을 수 없었다. 개항 이후 조선의 농촌사회는 자본주의 열강의 침탈과 지배층의 증가되는 착취로 피폐되어 갔다. 이로 말미암아 농민들의 불만은 증대되어 갔고, 동학이 그 교세를 확장하였다. 농민들은 동학의 인간평등사상과 사회개혁사상에 포용되어 갔고, 동학은 包接組織으로 농민세력을 규합하였다. 교세확장에 성공한 동학의 지도자들은 惑世誣民한다는 구실로 처형된 敎祖 崔濟愚의 伸寃運動을 일으킴으로써 힘의 결집을 보여주었다. 이들은 더 나아가 결집된 동학교도들을 중심으로 농민운동을 전개하여 농촌피폐의 원인이 되고 있었던 탐관오리의 숙청과 왜·양의 축출을 요구하였다. 드디어 고부군수 조병갑의 횡포와 착취를 계기로 봉기한 동학 농민군은 輔國安民과 除暴救民의 기치를 내걸고 반봉건·반제국주의전쟁을 전개하였다.

　동학농민군의 봉기로 국가적 위기감을 느낀 고종은 1894년 5월12일, 부득이 兩湖지방민에 대하여 특별 윤음을 내려 大更張할 것을 약속하였다.⁰³⁰⁾≪高宗實錄≫, 고종 31년 5월 12일. 그리고 일본의 간섭 속에 새로 수립된 친일정권은 즉시 국왕으로 하여금 “사색당론을 타파하고 門地에 상관없이 인재를 등용하여 보국안민의 策을 도모할 것이라”는 詔勅을 내리게 하였다.⁰³¹⁾≪高宗實錄≫, 고종 31년 6월 22일. 이어 軍國機務處를 설치하고⁰³²⁾≪高宗實錄≫, 고종 31년 6월 25일. 일련의 정치개혁을 시작하였다. 김홍집을 총재로 하는 군국기무처는 이후 약 3개월간에 걸쳐 210건의 제도개혁안 내지 정책건의안을 의결하였다.⁰³³⁾柳永益,＜軍國機務處議案의 分析＞(≪甲午更張硏究≫, 一潮閣, 1990), 134∼177쪽. 군국기무처는 정부조직의 개편을 결의하였고 이에 따라 다음과 같이 學務衙門官制도 새로이 제정하였다.

一. 學務衙門은 국내교육·학무 등의 행정을 관장한다.

一. 大臣一員·協辦一員·參議六員·主事十八員 다음과 같이 各局을 分設한다.

一. 總務局；아직 설치되지 않은 各局의 서무 관장, 참의 1·주사 2·兼秘書官

一. 成均館及庠校書院事務局；先聖·先賢·祠廟 및 經籍 등 관장, 參議 1·主事 2

一. 專門學務局；中學校·大學校·技藝學校·外國語學校·專門學校 관장, 參議 2·主事 4

一. 普通學務局；小學校·師範學校 관장, 參議 1·主事 4

一. 編輯局；國文綴字·各國文飜譯 및 敎科書編輯 관장, 參議 1·主事 4

一. 會計局；本衙門出納財簿 관장, 參議 1·主事 2員

(≪高宗實錄≫, 고종 31년 6월 28일)

　이와 같이 학무아문관제를 정비함과 동시에 문벌과 양반·상민의 등급을 劈破하고 귀천에 관계없이 인재를 선용하기로 결의하였다.⁰³⁴⁾≪高宗實錄≫, 고종 31년 6월 28일. 그리고 국왕으로 하여금 조칙으로 대소민인에게 유신에 적극 참여하라는 윤음을 내리게 하였다.⁰³⁵⁾≪高宗實錄≫, 고종 31년 7월 4일. 학무아문관제의 정비와 더불어 銓考局條例를 제정하여 관리의 선발방식을 개혁하였다. 과거시험과 달리 國文·漢文·寫字·算術·內國政略·外國事情 등을 策으로 출제하기로 하였다. 또한 選擧條例를 제정하여 朝野紳士·京鄕貴賤을 논하지 않고 품행이 바르고 재주와 슬기, 예술이 있고 시무를 아는 자를 선발토록 결의하였다.⁰³⁶⁾≪高宗實錄≫, 고종 31년 7월 12일.

　군국기무처의 구성에는 개항 이후 실무와 외국사정 등에 밝은 인물들이 필요하였고 그 결과 신분에 구애됨이 없이 여러 경로를 통해 당시 이러한 능력을 함양할 수 있었던 인물들이 선정되었다. 그리하여 金弘集·朴定陽·金允植·魚允中·趙羲淵 등을 제외하고는 대체적으로 한미한 가문과 지방출신, 양반의 서자와 중인 등 주변인들이 군국기무처를 주도했던 것으로 논급되고 있다.⁰³⁷⁾柳永益, 앞의 글, 134∼177쪽. 따라서 모든 개혁은 신분제를 부정하는 토대 위에서 추진되었다. 이는 위에서 살펴본 바와 같이 교육제도와 관리선발제도의 개혁에 있어서도 그대로 투영되었다.