≪독립신문≫은 주 3회(화·목·토) 격일간으로 발간되었다. 창간 당시에는 한글판 3면과 영문판≪The Independent≫1면을 한 신문에 같이 편집한 2국어신문이었다. 판형은 A4판으로 판면이 20cm×29cm 정도의 크기였고 본문은 4호 활자로 한글 전용이었다. 창간호부터 4월 18일자 제6호까지는 ‘독닙신문’으로 표기하다가 제12호부터 ‘독립신문’으로 바꾸었다.

이듬해인 1897년 1월부터는 한글판과 영문판≪The Independent≫를 분리하여 신문을 2종으로 만들었다. 이 때 한글판은 판형을 원래대로 두었으나 영문판은 24cm×37cm로 키웠다. 통상적으로≪독립신문≫이라면 한글판과 영문판 2종의 신문을 일컫는다.

서재필이 미국으로 돌아간 직후인 1898년 7월 1일부터는 일간으로 발행횟수를 늘렸다.≪독립신문≫의 일간 제작은 당시 사회가 이를 요구하였다는 측면도 있었지만, 다른 한편으로 이 해 4월 9일부터 배재학당의 학생회인 협성회가 일간으로≪일신문≫을 발행하기 시작하였기 때문에 이에 대응할 필요도 있었을 것이다.≪독립신문≫이 창간 이래 격일간이었는데 그보다 뒤에 나온≪일신문≫이 일간으로 발행되자 이에 자극을 받았을 것이다.

일간으로 발행하면서 판형을 B5(판면은 17cm×23cm)로 줄였다가 1899년 9월 1일부터는 지폭을 B4판으로 다시 확장하여 창간 당시의 크기가 되었다. 그러나 마지막 연도인 1899년에는 영문판의 발행이 부진하여 때로는 주간 단위로 발행되거나 또는 부정기적으로도 발행되어 전체 발행 호수가 14호에 그치고 말았다.⁰²⁶⁾이광린, 앞의 글에 의하면 1899년에 영문판은 21호가 발행되었다 하나 현재까지 남아 있는 것은 14호밖에 찾을 수 없다.≪독립신문≫이 창간된 때로부터 폐간까지 43개월 동안 간행된 총 호수는 한글판 776호, 영문판이 442호였는데, 연도별 간행 호수는 다음＜표 1＞과 같다.

≪독립신문≫은 평상시에 4쪽을 발행하였으나 때로는 부록을 발행하였으며, 영문판은 호외를 발행한 일도 있었다. 영문판의 호외는 1896년 11월 4일에 발행된 것으로 오하이오주지사였던 매킨리(William McKinley)소령이 미국 대통령(제25대)에 당선되었다는 사실을 알리는 간단한 내용이다.