서재필은 미국으로 돌아가기에 앞서 아펜젤러(Henry Gerhard Appenzeller)에게≪독립신문≫의 편집과 경영을 위임하였다.⁰²⁹⁾이만열,≪아펜젤러, 한국에 온 첫 선교사≫(연세대 출판부, 1985), 393∼395쪽, 1898년 8월 17일 아펜젤러가 서재필에게 보낸 편지. 그리고 尹致昊를 주필로 임명하여 경영 전반을 맡도록 하였다.

윤치호는 1881년 1월에 신사유람단의 일원으로 동경에 갔다가 그 곳의 同人舍에 입학하여 영어와 일어를 배웠고, 그 후 중국 상해의 中西書院에서 5년간 공부한 다음에 미국으로 건너가 밴더빌트(Vanderbilt)와 에모리(Emory)대학에 유학하고 온 지식인이었다. 그는 갑오경장·독립협회운동·애국계몽운동과 같은 개화기의 크고 작은 역사적 사건에 직접 간접으로 깊이 간여하였다. 갑오경장 이후에는 학부협판·외부협판 등의 요직을 역임하였고 1897년 후반부터는 독립협회에 적극 가담하여 그 회장을 맡는 등 정치의 중심무대에서 활약하였던 역사의 참여자이자 관찰자이기도 하였다.

윤치호는 경영을 맡은 지 한 달 반 후인 7월 1일부터 그 때까지 격일간으로 주 3회 발행이었던≪독립신문≫을 일간으로 발전시켰다. 그러나 이 해 12월 25일 고종이 11개조의 민회 금압령을 내려 독립협회와 황국협회를 혁파하도록 명하자 독립협회 회장이었던 윤치호는 덕원(元山)감리 겸 부윤으로 임명되어 서울을 떠나면서≪독립신문≫에서도 손을 떼고 말았다. 이리하여 1899년 1월부터 독립신문사는 아펜젤러가 맡아 운영하였다.

≪독립신문≫에는 서재필과 윤치호 외에도 제작에 참여한 사람들이 더 있었다. 그 가운데는 독립협회의 소장 신진파로 활약하여 중추원 議官으로 선출되기까지 했던 孫承鏞이 있다. 한글학자 周時經(본명은 尙鎬)도≪독립신문≫ 제작에 참여하면서 한글연구에 몰두하였다.

주시경은 서재필이≪독립신문≫을 창간하였을 때에는 배재학당의 학생이면서≪독립신문≫의 ‘회계사무 겸 校補’의 일을 보기 시작하였다. 그 후 회계의 일은 그만두고 ‘총무’가 되었다가 1898년 봄부터 9월까지는 ‘총무 겸 교보’의 일을 맡았다.⁰³⁰⁾金敏洙,≪周時經 硏究≫(탑출판사, 1977), 35쪽에 실린 주시경의 이력서와≪나라사랑≫4,＜한힌샘 주시경선생 특집호＞(1971) 참조. 이 기간 동안 그는 독립신문사 안에 國文同式會를 두었다 하며,≪독립신문≫에 2편의＜국문론＞을 발표하였다. 1897년 4월 22일과 24일자, 그리고 이 해 9월 25일과 28일자 1면 논설란에 실린 글이 그것이다.

아펜젤러는 우리 나라에 온 최초의 선교사이며 교육자이자 언론인으로서 다양한 활동을 벌인 사람이다. 그는 27세였던 1885년에 한국에 와서 이듬해 6월 배재학당의 전신인 영어학교를 설립하여 교장으로 재직하면서 1887년에는 고종으로부터 배재학당이라는 교명을 하사받아 서양식 교육을 처음으로 실시하였다.⁰³¹⁾이만열, 앞의 책, 511쪽 이하 年譜 참조. 1890년 1월에는 종로서점을 설치하였으며 같은 해 6월 대한성교서회 회장이 되었고, 1895년부터는 영문 월간지≪코리안 리포지토리≫의 편집인도 맡았다. 서재필이 미국으로 돌아간 뒤≪독립신문≫의 사장은 아펜젤러였으나 실질적으로는 윤치호가 운영하다가 1899년 1월 윤치호가 덕원감리로 떠난 뒤부터는 아펜젤러가 신문을 운영하였다. 그러나 이 해 6월 1일부터는 영국인 엠버얼리(H. Emberley)에게 신문사를 인계하였다.

엠버얼리는 1898년 6월부터 삼문출판사의 인쇄시설 감독으로 있었던 사람인데, 신문을 운영하기에는 능력이 부족하였다. 그 밖에 영문판 제작에는 호머 헐버트(Homer H. Hulbert)가 많은 도움을 주었고, 그의 동생인 아처 헐버트(Archer B. Hulbert)도 1897년에서 1898년 사이에는 영문판 제작을 도왔다.⁰³²⁾C. N. Weems, Hulbert's History of Korea, Vol. 1, London；Loutledge ＆ Kegan Paul, 1961, p. ED 34.

그런데 정부는 1899년 7월 14일≪독립신문≫사옥의 반환을 요구하였다.≪독립신문≫을 창간할 때에 서재필에게 신문사의 사옥으로 사용하도록 정부 소유의 건물을 제공하였는데 이를 환수하고자 한 것이다. 그러나 서재필은 사옥의 반환을 거절하였기 때문에 이번에도 주한미국공사 알렌이 정부와 미국에 있는 서재필 사이의 교섭을 주선하였다. 이리하여 1899년 12월 4일자로 정부가 서재필에게 4,000원을 지급하여≪독립신문≫의 판권과 인쇄시설을 매수하였다. 이 날부터≪독립신문≫은 더 이상 발행되지 않았다.

독립신문사를 매수한 뒤에 대한제국정부는 그 시설로 신문 발간을 계속하기 위해 아일랜드 출신 영국인 오세아(吾時, John O’Shea)에게 일을 맡겼다. 궁내부는 정간중이었던≪商務總報≫의 기계와 활자까지 오세아에게 인계하였으나, 결국 신문은 나오지 못하고 말았다. 오세아는 재동에 있던 외아문 건물에 거주하면서 영문판만 주 2회씩 발간하겠다면서 영어에 능통한 내외국인을 모집한다고도 했지만 신문은 발행되지 못하였다.

≪독립신문≫은 1896년 4월 7일에 창간되어 1899년 12월 4일에 폐간되었으므로 43개월간 간행된 셈이다. 이 신문이 언론의 발달과 사회의 개혁에 미친 영향은 컸다.