대종교는 1909년 중광되어 1914년 北間島 和龍縣 靑波湖에 있는 대종교 총본사와 古經閣이 설치될 때까지 국내에서 교단을 조직하고 포교활동을 전개하였다. 그런데 대종교의 총본사가 만주에서 교무를 집행하기 전인 1910년 10월 25일 북간도 三道溝에 지사를 설치한 바 있었다. 그리고 대종교의 교조인 나철은 1911년 7월 서울·평양을 경유하여 대종교의 靈地인 백두산 일대와 백두산 북록 청파호로 가서 백두산을 중심으로 4교구의 설치를 선포한 바 있었다. 그러나 1914년까지는 나철교조를 중심으로 南道교구에서 교단을 조직하고 포교활동을 전개하였다.³⁵⁷⁾大倧敎倧經倧史編纂委員會,＜敎勢의 擴張＞(≪大倧敎重光六十年史(稿)≫), 165∼166쪽.

먼저 대종교 총본사에서 교조 나철과 교무인 金敎獻·吳基鎬·柳瑾 등이 남도지사의 책임자인 姜虞를 중심으로 국내에서 전개한 활동상황을 살펴보면 다음과 같다.³⁵⁸⁾獨立運動史編纂委員會 編,＜志山外遊日記＞(≪獨立運動史資料≫8, 臨時政府史 獨立有功者事業基金運營委員會, 1974), 337∼342쪽. 나철교조는 1909년 1월 15일 단군교를 중광하고 교도들이 우선 지켜야 할 奉神成願의 呪頌을 반포하였는데, 그 내용은 “가마히 우에 계시사 한으로 듣고 보시며 낳아 살리시고 늘 나려 주소서”³⁵⁹⁾大倧敎倧經倧史編纂委員會,＜奉神成願의 呪頌＞(앞의 책), 150쪽.라는 것이었다.

그리고 나철은 2월 16일에 “純曰道 一日誠 勿作事 勿服飾 道者靜 誠者儉 不一自欺通”³⁶⁰⁾大倧敎倧經倧史編纂委員會,＜密誡22音＞(위의 책), 150쪽.이라는 密誡 22音을 黙受하고 자필로 써서 ‘檀君大皇祖神位’前 병풍에 붙였다. 그리고 4월 10일에 단군교 의식을 근엄하게 행사하기 위하여 술을 금하고 담배를 끊게 하였다.

이 해 6월 11일에는 歌調 檀檀調를 지었는데, “백두산 돌아드니 단군유업 이 아닌가. 잃은 강토 찾아내고 죽은 인민 살리랴면 아마도 단군후예로 一體檀檀”³⁶¹⁾大倧敎倧經倧史編纂委員會,＜歌調 檀檀調＞(위의 책), 151쪽.이라고 한 것을 보면, 교조 나철은 일제에 국권이 상실된 상태에서 단군을 국조로 한 민족종교 아래 일치단결해야만 우리의 영토와 국민을 살릴 수 있다는 것을 강조하였음을 알 수 있다.

나철교조가 만든 단군가 7절 중에서 마지막 절을 인용해 보면, “형제들아 자매들아. 배달겨레 모든 人衆 우리 형제자매들아. 함께 至誠하여 一心하여 빛내보세 빛내보세 大皇祖의 베푼 神敎 빛내보세”³⁶²⁾大倧敎倧經倧史編纂委員會,＜檀君歌＞(위의 책), 151∼152쪽.라고 하였다. 단군 대황조의 은덕을 각 절마다 찬양하고 끝절에 배달민족이 일치단결하여 단군교를 발전시켜 이를 통해 국권회복을 이룩하자는, 즉 거족적인 항일투쟁을 하자는 뜻이 담겨져 있다고 보여진다.

1909년 12월 1일에는 五大宗旨로서 단군교 이념의 실천강령으로 발표하였다. 그 내용은 인물의 본원을 아는 것, 인생의 良能을 가질 것, 人世의 평화를 얻을 것, 인간의 자유를 누릴 것, 그리고 인류의 문명을 밝힐 것으로 심리의 결속과 함께 천국 실현화에 이바지할 것³⁶³⁾大倧敎倧經倧史編纂委員會,＜五大宗旨＞(위의 책), 152∼153쪽.을 밝혀 놓았다.

1910년 8월 대종교 총본사의 天眞에 天祖影幀(단군)을 봉안하고 제례를 행하였다. 그리고 8월 5일 서울 시내에 남부지사와 북부지사를 설치하고, 오기호를 남부지사의 사교로 鄭薰模를 북부지사의 사교로 각각 임명하였다.³⁶⁴⁾大倧敎倧經倧史編纂委員會,＜교세의 확장＞(위의 책), 159쪽.

그 후 의식규례를 제정 발포하였는데, 의식규례발포안·施敎式·自信式·敬拜式·慶賀式³⁶⁵⁾大倧敎倧經倧史編纂委員會,＜교세의 확장＞(위의 책), 160∼165쪽. 등이었다. 의식규례를 제정하기 이전, 즉 1909년 단군교를 중광하게 되었을 때 발표한 것으로는 이미 밝힌 바 있지만, 檀君敎佈明書를 위시하여 重光源由·走筆記事·杜兄面談·原本神歌·入敎儀節·奉敎節次·奉敎課規·誓辭 등이 있다.³⁶⁶⁾大倧敎倧經倧史編纂委員會,＜檀君敎佈明書＞(위의 책), 80∼103쪽. 이렇게 나철교조는 단군교의 중광 초창기에 교리와 의식 등을 만들어 갖추었던 것이다.

나철교조는 이미 백두산지역을 1차 답사하고 1910년 6월에 북간도 화룡현 삼도구에 대종교 지사를 설치한 바 있었다. 그가 만주지역에 지사를 설치한 것은 국내의 정세로 보아 총본사를 이전하기 위한 작업이었다고 볼 수 있다. 김교헌이 이미 1914년에 이전한 만주소재의 총본사에 부임하였다. 그러나 이에 앞서 교조 나철은 만주지역에 이전된 총본사에 머물지 않고 교무 김교헌 등 간부의 일부와 남도지사인 서울에 체류하였다.

교조 나철을 중심으로 한 대종교 간부는 장차 대종교의 총본사뿐 아니라 대종교 간부들까지 만주지역으로 이전할 준비를 이미 하고 있었다. 나철교조는 이동 준비의 일환으로 국내의 대종교인과 항일독립운동세력, 애국청년·지사들에게 만주지역으로 이동할 것을 앞서 권유 또는 안내한 적이 있었다. 특히 대종교 핵심간부인 김교헌·오기호·유근 등도 권유 안내하였고, 이들에 의해 권유받은 鄭元澤 등도 한 사례로서 들 수 있다. 교조 나철은 주로 이들에게 대종교의 교리와 장차 구국항일운동을 전개할 지역은 만주지역이라는 점을 강조하여 민족의식과 항일의식을 고취하였던 것이다.³⁶⁷⁾獨立運動史編纂委員會 編,＜志山外遊日記＞(앞의 책), 337∼342쪽.

교조 나철은 중광할 때에 창립주로서 기반을 세웠다. 그러나 대종교의 倧理나 倧史의 체계화는 주로 교무의 직책을 맡았던 김교헌과 그의 동지들에 의해 이루어졌다고 해도 과언이 아니다. 1916년 나철이 죽자 1917년에 제2세 교주가 된 김교헌의 전력을 보면, 본관이 경주로서 명문거족이었다. 그는 일찍이 18세에 庭試文科 병과에 급제하였고, 그 후 權知副正字, 藝文館檢閱겸春秋館記事官, 成均館典籍, 弘文館副敎理, 侍講院文學, 弘文館應敎·修撰, 禮曺參議, 成均館大司成, 承政院左副承旨, 1903년 文獻備考纂輯委員, 1909년 奎章閣副提學으로서 國朝寶鑑監印委員 등을 역임하였으며 嘉善大夫까지 승진하였다. 그리고 1910년에 대종교에 입교하여 종리와 종사를 연구하였다. 또한 1914년에는≪神檀實記≫·≪神檀民史≫·≪檀奇古史≫의 저술과≪三一神誥≫의 편수 등과 1912년 倧經會에서≪神誥講義≫·≪神理大全≫·≪會三經≫·≪神事記≫·≪朝天記≫·≪神歌集≫간행 등을 주관하였다. 그는 종래의 사대주의사상을 불식하고 민족주의사관을 정립하여 대종교 교리와 종사에 기여하였으며 본사의 교무 직책과 남도지사의 都講師로서 대종교 발전에 크게 이바지하였다. 그는 淵博한 학문으로 攷據에도 권위가 있었으며 한국사에도 능하였다.³⁶⁸⁾朴永錫,＜김교헌의 저술활동＞(≪한민족독립운동사연구－만주지역을 중심으로≫, 일조각, 1982), 156∼159쪽. 그의 학문은 후에 박은식·신채호의 민족사학에도 크게 영향을 미쳤으며,³⁶⁹⁾韓永愚,＜1910년대의 신채호의 역사인식＞2(韓㳓劤博士停年紀念史學論叢刊行準備委員會 編,≪韓㳓劤博士停年紀念史學論叢≫, 지식산업사, 1981), 629쪽. 최남선도 그에게 사사하였다.³⁷⁰⁾김교헌이 만주로 망명한 후 그의 서적의 대부분은 최남선이 소유하고 있었으나 오늘날 그 서적은 고려대학교 아세아문제연구소에서 소장하고 있다. 김교헌의 손자(金汸經)와 필자와의 대담(1982년 12월 5일 건국대 사학과 연구실).

김교헌이 1910년 대종교에 입교할 때, 鄭寬(광복 후 대종교 교주) 등을 위시한 종래의 관리·학자·양반층 특히 구국애국지사들이 많이 입교하여 대종교만이 민족종교로서 구국대일항쟁을 할 수 있다고 자부하였다. 또한 대종교의 민족자주의식, 민족사관에 의하여 저술된 문헌과 그들이 민족의식을 고취하므로써 대종교의 교세가 확대되었고, 이로 인해 항일투쟁을 위하여 많은 인사들이 만주로 망명하게 된 것이다.

대종교 총본사에서는 대종교를 중광하여 교리와 의식을 정비하고 민족종교로서 민족의식과 항일의식을 고취하고 종래의 사대주의사상에 젖었던 한계성을 탈피하기 위해, 즉 민족주체사관을 정립하기 위해 많은 문헌을 저술하고 편찬하였다. 그리고 대종교 총본사와 남도지사는 국내에서의 대일항쟁수행의 한계성을 절감하고, 많은 애국청년들을 대종교에 귀의시켜 장차 독립전쟁을 전개하고자 만주로 망명하게 하였다. 또한 대종교 자체에서도 솔선하여 1911년에 만주에 지사를 설치함과 아울러 1914년에는 대종교의 총본사까지도 만주로 이전하였던 것이다.

1915년 조선총독부령 제83호로 종교통제안이 공포되어 대종교를 불법화하자, 다음해 8월 교조 나철은 황해도 구월산 三聖祠로 떠나게 되었다. 이 떄에 전송한 在京敎人은 金枓奉(尙敎)·嚴柱天(知敎)·安藝中(參敎)·金書鍾(參敎) 등 수백 명이었다. 이어 8월 15일 교조 나철은 사망하고, 그의 유서에 의하여 김교헌이 제2세 교주로 임명되어³⁷¹⁾＜傳授道統文＞
大倧敎都司敎第二世
神命曆數在爾嘉躬 勗哉欽哉
檀君降世四千三百七十三年丙辰八月十五日
大倧敎都司敎 羅喆
司敎 金獻 嘉棣
大倧敎倧經倧史編纂委員會 修撰,≪大倧敎重光六十年史(稿)≫, 210쪽. 1917년 만주의 대종교 총본사로 부임하였던 것이다.