형평사는 사칙 제16조에서 “본사의 집회는 정기총회와 임시총회로 나누고 정기총회는 매월, 임시총회는 위원회에서 필요하다고 인정할 때에 이를 소집한다”고 규정하였다. 그러나 1923년 4월 25일의 창립총회 이래, 형평사는 1935년 제13회 전국대회에서 大同社로 개칭되기까지, 매년 4월 25·26일에 창립기념식을 겸한 정기적인 총회를 열었다. 그리고 필요에 따라 임시총회나 지방대표자회의 등이 열리었다.

　형평사 전국대회는 형평사 전체 대의원들이 각 지사와 분사의 현안문제를 함께 논의할 수 있는 거의 유일한 기회였다. 따라서 중앙총본부에서 상정하였건, 지방의 지분사에서 제출하여 채택되었건 총회의 안건은 그 시기의 당면 문제를 총괄적으로 반영하였으며, 또 그 토의 결과는 각 하부 조직에 전달되어 활동 방향이나 활동 내용의 기본 지침으로 활용되었다.

　형평사의 중앙집행위원회는 중앙집권적인 권위적 기구이기보다는 전국 각 지분사의 의견을 수렴하여 백정에 대한 차별철폐 운동을 전개하고, 백정의 경제적 이익을 옹호하고 형평사의 발전을 꾀하는 각종 사업의 기본방향을 의결하고 이를 집행 추진하는 협의체로서의 성격을 가졌다.

　중앙집행위원은 총회를 통하여 선출되었다. 총회의 기능 중 가장 중요한 것이 바로 중앙집행위원의 선출이라 해도 과언이 아니다. 중앙집행위원이 선출되면 사업집행을 위하여 실무를 담당할 상무집행위원회를 구성하고, 조직활동을 위한 부서를 결정하여 위원들을 각 부에 배속하였다. 최초의 5부서는 庶務部·財務部·外交部·敎育部·正行部였다. 중앙집행위원회는 위원장을 중심으로 운영되지만, 일반적으로 본사의 집행위원에는 각 지방의 유력자들이 선출되었으며, 그 가운데 핵심지도자들이 다시 상무집행위원으로 뽑혔다. 그렇기 때문에 본사는 중앙집행위원, 더 구체적으로는 상무집행위원들의 집단 지도체제적인 성격을 띠고 있었다. 그리고 이들 집행위원과 상무위원이 누가 되느냐에 따라, 즉 집행위원회나 상무위원회의 인적 구성에 따라 형평사 사업방향 내지 운동노선도 달라질 수 있었다.

　초기 형평사 집행위원의 면면을 보면 창립 당시 형평사는 백정 자산가와 지식인이 중심이 되어 조직되었음을 알 수 있다. 특히 신문기자들의 활동이 두드러졌다.