불교의 자주화를 통하여 통일운동을 지향한 승려대회에서 제정한 종헌은 불교계 내부의 모순과＜사찰령＞의 억압을 극복치 못하고 소멸되었다. 다만 종헌 실행을 모색하는 가운데 등장한 것은 그 대안으로서의 총본산안과 교무소안이었다. 전자는 31본산중 한 본산을 선택하여 그 본산에게, 후자는 중앙에 교무소를 설립하여 불교계 즉 31본산 전체를 통할할 권한을 부여하자는 것이었다. 이같은 고민은 통일운동을 실천할 수 있는 현실적인 여건과 대안의 모색에서 나온 것이었다.

　그러나 이같은 대안이 실행에 옮겨진 것은 1935년 중반이었다. 그런데 그 이행은 기이하게도 일제가 황민화정책의 일환으로 추진한 心田開發政策³⁴¹⁾韓亘熙,＜1935∼37년 일제의 ‘心田開發’ 정책과 그 성격＞(≪韓國史論≫35, 1996), 138∼163쪽.과 맞물려서 나왔다. 일제가 지시한 종교계의 심전개발의 추진지침에는 상호연락을 통하여 실효를 거두라는 내용이 있었다. 한편으로는 1934년말 이토 히로부미(伊藤博文)을 기리기 위해 재한 일본불교에서 건립한 博文寺의 주지가 한국불교 장악의 근거처인 총본산을 박문사에서 담당하겠다는 비공식적인 건의를 한국불교계에서 파악한 것과 유관하였다.³⁴²⁾金法麟,＜韓國佛敎의 抗日鬪爭記＞(≪대한불교≫, 1963년 8월 1일). 요컨대 일본불교가 한국불교를 관장하려는 의도를 분쇄하겠다는 의식이 작용한 가운데, 일면으로는 심전개발정책에 협조하면서 總本山建設運動은 움트고 있었다.³⁴³⁾金光植,＜日帝下 佛敎界의 總本山建設運動과 曹溪宗＞(≪한국민족운동사연구≫10, 1994), 300∼308쪽.

　이러한 배경하에 31본산주지들은 주지총회를 통하여 불교계 대표기관 설립을 결의하였다. 구체적으로 말하자면 조선불교선교양종 宗務院을 설립하고, 심전개발 기념사업으로는 각황사의 재건축을 결의하였다. 그러나 이같은 결의는 1936년 말에도 구체적으로 진척되지 않았다. 총본산의 건설사업은 1937년 2월경 경남3본산종무협의회, 전남5본산협의회, 경북불교협회의 대표자가 불교 발전을 위하여 총본산 건립을 결의하고,³⁴⁴⁾＜全南·慶南·慶北 各本山當局者會合懇談＞(≪慶北佛敎≫10, 1937. 4). 그 결의가 주지총회에 상정되면서 가속화되었다. 마침 일제 총독이 주재한 주지총회에서 일제도 그를 적극 후원하겠다는 방침이 확인되는 가운데 총본산 건설운동은 본격화되었다. 그 결과 1938년 10월 10일에는 총본산 건물인 대웅전을 준공하였다. 이 대웅전에 사용된 목재는 정읍에 있었던 普天敎의 十一殿의 자재였다.

　그 이후에는 그 총본산의 寺格을 검토하여 북한산의 태고사를 이전하는 형식을 취하여 1940년 5월에는 太古寺로 명명하였다. 또한 총본산의 사격을 부여하는 문제를 검토하면서³⁴⁵⁾卍海,＜總本山創設의 再認識＞(≪佛敎≫신17집, 1938. 11), 2∼5쪽. 제기된 것은 이번 기회에 조선불교의 종명을 역사성 있는 것으로 재부여하자는 논의가 제기되었다. 그 결과 1941년 4월 23일, 총독부령 125호의＜사찰령＞시행규칙 개정에 의하여 조선불교 曹溪宗과 太古寺法이 등장하였다. 태고사 사법에는 31본산을 통제할 권한을 부여한 내용이 담겨 있었다.³⁴⁶⁾＜朝鮮佛敎曹溪宗總本寺太古寺法＞(≪韓國近現代佛敎資料全集≫67, 1996), 195∼221쪽. 이로써 한국불교는 조계종이라는 새로운 종단체제를 수립하였으며, 31본산 즉 불교계 전체를 통할할 총본사인 태고사가 정식으로 성립하였던 것이다. 이는 1920년대 초반부터 논의된 불교계 통일기관이 수립되었음을 의미하는 것이었다.

　이는 일제당국도 정식으로 인정하였음을 의미하였다. 그러나 총본산 건설, 태고사 인가, 태고사 사법 제정 등에 일제의 후원과 협조가 있었기에 그 요인이 이후 조계종단이 일제의 군국주의 통치에 협조할 수밖에 없는 단서로 작용하였다. 그러나 출범한 조계종단은 태고사법에 의거 태고사에 종무기관인 종무원을 설립하고, 종단의 대표인 교정에 方漢岩을, 종무총장에 이종욱을 선출하여 조직체계를 정비하였다.