종교 개혁이 확대됨에 따라 카톨릭 교회도 반성과 개혁에 나서게 되었다. 장기간에 걸친 트리엔트 종교 회의에서 비판의 대상이 된 폐단을 시정하고 교리를 가다듬는 한편, 종교 재판소를 설치하고 금서 목록을 작성하여 신교의 확대를 방지하고자 하였다.

이러한 카톨릭의 개혁 운동에 매우 중요한 활동을 한 것은 예수회였다. 예수회는 에스파니아의 로욜라가 설립한 것으로, 교황에 대한 절대 복종과 군대식의 엄격한 규율을 특징으로 한다. 예수회는 유럽에서는 신교의 확대를 방지하고 카톨릭 세력의 회복에 노력하는 동시에, 아프리카, 아시아 및 아메리카 대륙에 대한 활발한 전도 사업을 전개하면서 서양 문물을 전하기도 하였다.