삼별초의 항쟁이 진압되면서 고려는 이후 80여 년간 원의 간섭을 받는 원 간섭기에 접어들었다. 그러나 두 나라는 오랜 전쟁의 결과 각각 정치 체제가 크게 변화되었다. 고려에서는 무신 정권이 무너지고 국왕 중심의 정치가 회복되어 국왕과 문신 세력이 다시 정치를 주도하였다. 몽골에서도 권력다툼 끝에 쿠빌라이(세조)가 왕위에 올라 국호를 원으로 바꾸고, 수도를 대도(베이징)로 옮겼다.

이후 원은 고려의 제도와 풍속을 인정하면서도, 고려에 대해 그들의 영향력을 확대하고자 하였다. 원은 일본 원정을 계기로 고려에 설치한 정동행성을 통해 고려의 내정을 간섭하였다.

고려 국왕은 원의 공주와 혼인을 하였고, 태어난 왕자는 원에서 성장하면서 교육을 받고 귀국하여 왕이 되었다. 이처럼 원은 국왕을 자기들의 통제 아래에 두고 그를 통해 고려를 간접적으로 지배하려는 정책을 폈다.