다음으로 서원(書院)이라고 불리는 것이 중종 무렵부터 각지에서 일어났다. 서원이란 원래 지방의 유생(儒生)들이 서로 모여 명유(名儒)나 현신(賢臣) 등의 넋을 제사 지내고, 또 학문을 익히기 위해 설립된 것으로, 그 목적은 매우 옳은 것이었다. 그러나 오래지 않아 유생들이 방종해지고 학문 익히는 것을 게을리 하고 정치를 비난하였으며, 또 서원이 마구 설립되는 폐해가 생겨 왕은 명령을 내려 개인적으로 서원을 설립하는 것을 금지하였으며, 또는 그것을 폐지시키는 경우도 있었다.