서원(書院)의 기원(起源)은, 보통 중종(中宗) 36년 풍기(豐基) 【지금의 경상북도에 있다.】 군수(郡守) 주세붕(周世鵬)이 관내에 있는 순흥(順興)이 고려의 명신(名臣)인 문성공(文成公) 안유(安裕)가 살던 곳이라고 하여, 그 옛터에 사당을 짓고 백운동서원(白雲洞書院)이라고 이름 붙인 것에서 시작한다. 정확히 말하자면, 서원이라고 일컫는 것이 그 이전에도 두세 개 없지 않았지만, 명종(明宗) 때 이황(退溪) 【퇴계(退溪)】 이 임금에게 올린 말에 기초하여, 백운동서원에 소수서원(紹修書院)이라는 편액을 내렸고, 또 서책(書冊), 노비, 전결(田結)을 주었는데, 이때부터 서원이 크게 일어났으므로, 이 서원은 특히 유명해졌으며, 서원의 효시로 간주되기에 이르렀다. 그때 이황이 상언(上言)하기를,

“신(臣) 황(滉)이 은밀히 지금의 국학(國學) 【성균관】 을 살펴보니, 원래부터 현명한 선비들이 관계하는 곳입니다. 그런데 대부분의 군현(郡縣)의 학(學) 【향교】 들이 생도들에게 문구(文具)를 마련해 주어, 가르침이 거꾸로 크게 파괴되었습니다. 그리하여 선비들은 도리어 향교에 가서 공부하는 것을 부끄러움으로 여기고 피폐함이 극에 달하였습니다. 그러므로 도(道)로써 이를 구하지 않는 것은 한심하다 할 것입니다. 오로지 서원의 교육이 왕성하게 오늘날 일어난다면, 그때는 바라옵건대 학정(學政)의 결함을 구제해야 합니다.”

라고 하였는데, 이것을 보면 향교는 이미 선조(宣祖) 이전에 교육의 실질을 상실하였으며, 그것을 대신할 만한 것으로 서원이 건전하게 발달하여, 그 문교(文敎)를 보완하여 채워 주는 부분이 컸다. 그러나 아래에 기록한 바와 같이 서원의 성적은 매우 불량하였다.

처음에 서원은 명유(名儒), 현신(賢臣)들의 영혼을 제사 지내고, 젊은 자제(子弟)들이 모여 덕(德)을 연마하고 학문을 익히는, 이른바 사자(士子) 【유생】 들이 수양하는 장(場)으로 세워진 것이다. 따라서 그것이 설립된 취지는 매우 옳은 것이었지만, 이미 선조 때에는 유생들의 행위가 방종해져 조금도 수양의 효과를 거둘 수 없었으므로, 이이는 상소를 올려 사표(師表)를 세우고 교육의 효과를 완전하게 해야 한다고 논하였다. 이후 서원과 사당의 건설은 점점 왕성해짐에 따라, 또한 그 폐해를 낳기에 이르렀다. 처음에는 사적으로 사원을 건설하였는데, 그 유서(由緖)가 분명한 것에는 소수서원(紹修書院)의 예에 따라 국왕이 편액을 하사하고 노비와 전결을 주어 서원의 설립을 장려하였다. 그러나 후에 점차 서원이 마구 설립되는 폐단이 발생하여 인조(仁祖) 22년에는 신설하는 서원이나 사당은 반드시 도(道)에서 예조(禮曹)에 통보하여, 중앙 정부의 허가를 얻어야 비로소 창건(創建)에 착수하도록 정하였다. 그렇지만 그 후 첩설(疊設) 【동일한 사람이 2개 이상의 서원을 설립하는 것】 과 사적으로 건립하는 풍조가 끊이지 않아, 서원과 사당의 수는 터무니없이 증가되어 폐해가 대단히 커졌다. 그리하여 효종 6년에 명을 내려 첩설하는 서원과 사당에 대한 편액의 하사를 중단하였으며, 효종 8년에 서원과 향현사(鄕賢祠)의 사적인 건립을 금지하고, 그것을 주동한 유생을 처벌하기로 하였다. 그러나 법을 두려워하지 않고 서원과 사당을 사적으로 건립하는 사람들이 끊이지 않았다. 숙종(肅宗) 때에 이르러서는 읍(邑)마다 그것이 없는 곳이 없었으며, 한 읍에서 여러 곳의 서원과 사당을 볼 수 있게 되었다. 한 도(道)에 8~10개를 헤아릴 정도였고, 서원과 사당 외에도 영당(影堂), 생사(生祠) 【생사는 지방관 등의 공덕을 표창하기 위해 세운 것이다.】 를 마구 설립하는 경우도 많았으며, 또한 첩설한 서원과 사당에 대한 편액의 하사를 청원하는 경우도 그 수를 헤아릴 수 없을 정도가 되었다. 이 때문에 숙종 때에는 더욱 서원과 사당의 사적인 건립을 엄격하게 금지하였으며, 관찰사로 하여금 첩설을 일절 방지하도록 하였고, 40년에는 마침내 명을 내려 위의 금지령이 있은 이후에 사적으로 건립한 서원과 사당들을 철폐하도록 하였다. 이와 같이 더욱 단속을 엄격히 함에 따라 한편으로는 법망을 빠져나가는 것이 교묘해져, 영조(英祖) 무렵에는 단순히 사당이라고 칭하면서 창건하는 경우가 많아지는 등 그 폐단을 이루 말할 수 없었다. 그리하여 영조 17년에 다시 명을 내려 숙종 40년 이후에 사적으로 건립한 서원과 사당을 철폐하도록 하였는데, 그 수가 3백여 개에 이르렀다. 그렇지만 다음 왕인 정조(正祖) 때에 서원과 사당[院祠] 및 영당을 합쳐 약 650개가 있었다고 한다.

서원의 폐해가 어디에 있었는지에 대해 여러 책들이 기록하고 있는 바를 종합하면 다음과 같다.

(1) 서원이 점차 번성하여 오히려 향교를 능가하자, 향교의 유생들도 모두 서원으로 돌아갔다. 또한 유생들 가운데에는 학문을 하지 않고 난잡한 무리들이 많아졌는데, 그들은 전혀 학문을 연마하고 도를 닦는 데 힘을 쏟지 않고 놀고먹으면서 쓸데없는 논의나 일삼는 무리가 되었다.

(2) 선조 때부터 중앙 정계(政界)에서 붕당(朋黨)이 분열을 일으키자, 지방 서원의 유생들도 역시 그와 한통속이 되어 왕성하게 조정을 비난하였다.

(3) 서원이 일어나자 양민(良民)들은 군역(軍役)을 피하기 위해 서원의 노예로 모집되어 들어가는 사람이 많았는데, 수령(守令)은 이를 금지시킬 수 없게 되자 효종(孝宗) 때 서원과 사당의 노비 숫자를 제한하였지만 효과를 거두지 못하였으며, 서원 수의 증가에 따라 이 폐해는 더욱 커졌다.

(4) 서원은 대부분 광대한 토지를 소유하고서도 어떤 조세도 내지 않았다. 쓸데없이 게으르고 무위도식하는 유생과 한가한 장정들을 양성하는 데 지나지 않았다.

(5) 지방의 사족(士族)들은 서원을 근거로 서민들을 괴롭혔다. 【『증보문헌비고(增補文獻備考)』, 『춘관통고(春官通考)』, 『선조실록(宣祖實錄)』 등.】