처음에 대원군은 비변사(備邊司)를 폐지하고 의정부(議政府)를 부활시켰으며 삼군부(三軍府)를 설치하였다. 그러나 민씨가 세력을 잡는 시대가 되자 예전의 비변사에 상당하는 중요한 정무를 담당하는 기관으로서 통리기무아문(統理機務衙門)을 설치하고, 그 안에 7사(司)를 두었으며, 영의정 이최응(李最應)을 통리대신(統理大臣)으로 삼고, 그 밖에 정부의 중요 관리들을 그 직원으로 하여, 많은 개화파 사람들을 채용하였다. 【이 태왕 17년, 메이지 13년】 또 같은 해에 대원군이 설치한 삼군부를 폐지하고, 이듬해에 군사제도의 개혁을 단행하여, 종래의 5영(營)을 폐지하고 2영으로 고쳤으며, 따로 신식(新式)의 한 부대를 편성하여 일본식 훈련을 실시하였다. 【이 태왕 18년, 메이지 14년】 이것들은 참으로 지혜롭고 용기 있는 조치였지만, 수구파 사람들을 분노하게 하였으며 일반 인민들의 분노가 결국 폭발하여 임오정변(壬午政變)이 일어났다. 그 정변 과정에서 대원군은 중요 정무에 관여하였는데, 반대파가 설치한 통리기무아문을 폐지하고, 5영과 삼군부를 부활시켰다. 【이 태왕 19년 6월, 메이지 15년】 그러나 청나라가 이 정변을 잘 마무리하려는 대책에 관여하면서, 한국 조정을 위해 알선(斡旋)할 기회를 잡고 새로운 태도로 조선을 대하였으며, 조선의 정치에 간섭을 시작하자, 조선은 다시 제도를 크게 바꾸었다. 같은 해 말에 청나라의 제도를 본받아 통리군국사무아문(統理軍國事務衙門) 【처음에는 통리내무아문(統理內務衙門)이라고 불렀다.】 을 설치하고, 처음에 문무관(文武官)을 주로 영의정으로 삼던 것을 총리(總理), 판리협판(辦理協辨) 등의 관직에 임명하여, 청나라 정부가 추천한 청나라 사람 왕석창(王錫鬯)을 그 아문의 참의(參議)로 삼았으며, 【이듬해】 그와 동시에 통리교섭통상사무아문(統理交涉通商事務衙門) 【처음에는 통리아문(統理衙門)이라고 불렀다.】 을 설치하고, 마찬가지로 이홍장(李鴻章)이 추천한 독일인 멜렌도르프를 이 아문의 협판(協辨)으로 삼았다. 이리하여 처음에는 오장경(吳長慶), 다음에는 원세개(袁世凱)가 경성에 주차하여 국사를 감독하였으므로, 이때부터 조선은 내치와 외교에서 청나라의 통제를 받게 되었다. 그런데 삼군부(三軍府)를 폐지하고 그 사무를 통리군국사무아문에 합쳤으며, 【이 태왕 19년 12월】 5영(營)을 폐지하고 따로 좌·우·전·후의 4영으로 편제(編制)하여 청나라 군대에게 훈련을 받았다. 그에 더하여 세관(稅關)에 관한 사무도 역시 이홍장의 부하인 로버트 하트 【Sir Robert Hart】 의 감독을 받아 처리하게 되었다.