지방 제도는 메이지 28년의 개혁 【제11과 비고 10 「관제(官制)의 개정」 참조】 이후, 대체로 특이한 점이 없었지만, 몇몇 부(府)·군(郡)의 개폐 등이 있었는데, 통감부 설치 당시에는 한성부(漢城府) 외에 전국을 13도(道), 1목(牧), 3부(府), 341군(郡)으로 나누고, 한성부에 판윤(判尹), 도에 관찰사(觀察使), 목에 목사(牧使), 부에 부윤(府尹), 군에 군수(郡守)를 두었으며, 따로 개항시장(開港市場)에 감리(監理)를 두었다. 이들 지방관들의 직권(職權)은 각 관제(官制) 상에 명확히 규정되어 있었지만, 인습(因襲)이 오래되어, 지방 관리들은 쓸데없이 옛 관례를 고수하면서, 인민들의 고혈(膏血)을 짜내고, 공금을 사적으로 이용하여 개인의 재산을 살찌우는 것을 능사로 삼았으며, 또한 관찰사, 목사, 군수에게 일정한 범위의 재판권이 있었으므로, 인민들은 억울한 죄를 호소할 수 없는 양상이었다. 이리하여 통감부가 설립된 후, 지방 정무(政務)의 개선은 하루도 등한시할 수 없다는 것을 인식하고, 메이지 39년에 한국 정부는 지방제도 조사위원을 두고, 일·한 양국 관리 몇 명을 그 위원에 촉탁하여 그 조사를 수행하게 하였으며, 같은 해 9월에 새로운 관제를 발포하고 10월 1일부터 실시하였다.

이번의 개정에서는 제주목(濟州牧)과 광주(廣州), 강화(江華), 개성(開城)의 3부(府)는 모두 폐지하여 군(郡)으로 고쳤으며, 새로 개항시장 소재지의 군을 부로 고쳤다. 즉 인천, 옥구(沃溝), 【군산】 무안(務安), 【목포】 창원(昌原), 【마산】 동래(東萊), 【부산】 덕원(德源), 【원산】 성진(城津), 삼화(三和), 【진남포】 경흥(慶興), 의주(義州), 용천(龍川) 등 11개 부가 그것이다. 그 결과 한국의 지방 행정구획은 한성부 외에 13도, 11부, 333군이 되었으며, 종래 각 개항시장에 두었던 감리서(監理署)는 폐지되고, 그 사무는 부윤의 소관에 속하게 되었다. 또 새로 정해진 지방관의 관제에서는 관찰사 및 부윤, 군수의 권한을 명확히 하였으며, 또한 그 감독을 엄격히 하여 종래의 폐해를 제거하는 데 힘썼다.

메이지 40년 일한신협약의 결과, 한국의 사법 사무는 보통 행정 사무와 구별되었고, 같은 해 12월에 재판소구성법이 발포되어 공소원(控訴院), 지방재판소 및 구재판소(區裁判所)가 설치됨으로써, 그와 함께 지방관 관제도 역시 개정되어, 종래 지방관의 권한 안에 있던 재판권은 완전히 그의 손을 떠났다. 또한 관찰사가 세무감(稅務監)을 겸하던 것도 폐지되었으므로, 오랫동안 폐해가 되었던 지방 제도는 여기에 이르러 근본적으로 개선되었다. 이렇게 2년이 지나고, 지방 행정 구획은 병합 당시에 13도, 12부, 317군을 헤아렸다.