【제2차 한·일 협약】 전후의 일본은 더욱 침략의 검은 손을 내밀어 한국의 모든 권리를 뺏는 첫 번째 일로 중요한 외교권을 거두려 하였다. 광무 9년 11월에 이등박문(이토 히로부미)이 건너와 제2차의 협약안을 제출하니 처음에는 쉽사리 허락하지 아니하였으나 그의 요구가 여러 차례 거듭하는 동안에 동월 17일에 이르러 마침내 협약이 성립되고 조인되었다. 이것이 이른바 제2차 한일협약으로 을사조약 혹은 보호조약이라 하는 것이니, 그 내용은 한국 외교권의 접수, 일본 통감의 주재, 한국 황실의 안녕 유지의 보증 따위였다.

【국민의 격분】 이 협약이 발표되자 민심은 크게 소동이 나서 애국적 연설회가 끊이지 않고 의분에 불탄 나머지 시종 무관장 민영환 같은 이는 국민에게 고하는 유서를 남기고 자살하였으며 그 외 특진관 조병세 이하 경향 각지에서 원통함을 못 이겨 자결하는 이가 많았다.

　【참고】 충정공 민영환 유서[원문은 한문]

　- 동포에게 고함 －

아, 우리나라 우리 민족의 치욕이 이 지경에까지 다다랐구나. 생존경쟁이 심한 이 세상에 우리 민족의 운명이 장차 어찌 될 것인가. 살기를 원하는 사람은 반드시 죽고, 죽기를 맹세하는 사람은 살아 나갈 수 있으니 이는 여러분이 잘 알 것이다. 나 민영환은 한 죽음으로써 황은을 갚고 우리 2천만 동포에게 사죄하려 한다. 민영환은 이제 죽어도 혼은 죽지 아니하여 황천에서 여러분을 돕고자 한다. 바라건대 우리 동포 형제여! 천만 배나 분려를 더하여 뜻을 굳게 갖고 학문에 힘쓰며 마음과 마음을 합하고 힘과 힘을 아울러 우리의 자유 독립을 회복하여라. 그러면 나는 지하에서 기꺼이 웃겠다. 아! 조금이라도 실망하지 말라. 대한제국 2천만 동포에게 마지막으로 고한다.

【통감부 설치】 이리하여 그 해 12월 20일에 일본은 서울에 통감부를 두고 장곡천호도(長谷川好道, 하세가와 요시미치)가 임시 대리로 있더니 이듬해 3월에 이등박문(이토 히로부미)이 첫 통감으로 왔다.

【의병】 이와 전후하여 민족적 의분은 불꽃과 같이 치밀어 국내 여러 곳에서 의병을 일으켜 일본인에 대한 반항 운동을 개시한 의사가 많았다. 그 중 민종식, 최익현, 신돌석 등은 가장 저명한 사람으로 서로 호응하여 한때 놀라운 기세를 보였으나 후에 형세가 불리하게 되어 모두 잡혀 구금 혹은 귀양과 죽음을 당하였다.

【일진회(一進會)】 앞서 일본의 세력이 커지자 이에 휩쓸려 사리를 채우려는 매국노도 있었다. 송병준, 윤시병 같은 자는 유신회라는 것을 만들고 동학교도의 한 사람인 이용구를 달래어 그의 진보회와 합하여 일진회라 이름 짓고 일본의 주구 노릇을 하였다. 그들은 이 보호조약 체결 전부터 이미 한국은 일본의 보호를 받아야 한다는 것을 발표하기까지 하였다. 【천도교(天道敎)】 일진회가 이와 같은 의견을 발표하자 일본에 가 있던 동학 영수 손병희는 곧 서울로 돌아와 이용구와 손을 끓고 천도교를 일으키니 이로 부터 동학 정통은 천도교라는 이름으로 발전하고 이용구는 따로 시천교를 일으켜 천도교와 대립하였다.