고려 시대 빈민 구제를 맡아보던 동서대비원을 제도적으로 계승한 관서였다. 태종(太宗, 재위 1400~1418) 대 명칭을 동서활인원으로 개칭하였다가 세조(世祖, 재위 1455~1468) 대에 활인서로 다시 바꾸었다. 동활인서는 동소문 밖에 위치하였고, 서활인서는 서소문 밖에 있었다.

주된 임무는 도성 내에 빈민으로 치료받을 여력이 없는 사람들을 구제하여 치료하는 것이었다. 그 밖에도 의탁할 곳이 없는 사람들을 돌보거나 연고가 없는 사망자들을 매장하는 일 등을 아울러 맡아보았다. 『경국대전(經國大典)』에 의하면 동서활인서에는 각각 제조 1명과 별제 4명, 참봉 2명씩이 배치되었는데, 조선 후기에 이르러서는 별제가 2명으로 축소되었다.