16세기 접어들면서 조선 초기의 군역은 진관 체제(鎭管體制) 아래에서 각 군영과 진의 지휘관이 관할하였다. 당시 지휘관들은 군역에 복무해야 할 군사들 가운데 사정이 있는 자들에게 일정량의 면포나 쌀을 받고 대신 방면해 주었는데, 이러한 임시방편이 방군수포제의 시초가 되었다. 당시 군역을 부담했던 양인(良人)들은 생업을 포기하고 정군으로 복역하게 되면 농사의 때를 잃는 등 폐단이 많이 발생했기 때문에 정군으로 군역을 수행하는 대신 포를 바치고 역을 지지 않으려고 했고 이러한 방군수포 현상은 널리 확산되었다. 이 과정에서 지방관이 군역의 대역에 관한 감독권을 전적으로 행사하면서 부정으로 군포를 거두고 거둔 군포를 사리사욕에 채우는 경우가 만연했다. 그 결과 군역을 지는 이가 적어지고 비상시 필요한 예산이 부족해지는 사태가 나타나게 되었다. 이에 방군수포를 해결하기 위해 이이(李珥)가 각 진관의 지휘관들에게 일정한 녹봉을 책정하는 방법을 제안하였다. 이러한 제안을 통해 방군수포를 통한 사적인 포탈은 사라졌지만 방군수포는 여전히 군역자가 속한 군영의 재정 보완책으로 활용되었다.