1894년 6월 28일 「탁지아문관제(度支衙門官制)」에 의해 중앙 재정 기관인 탁지아문이 설립되었다. 탁지아문은 대신 아래 10개의 국으로 편성되어, 회계 출납과 조세, 국채, 화폐 등 일체의 재정 사무를 총괄하였다. 따라서 기존에 독자적인 재정을 운영하던 선혜청, 균역청, 군자감 등 여러 재정 기관이 폐지되거나 탁지아문으로 흡수되었고, 왕실 역시 재정 부분에서는 탁지아문의 감독을 받게 되었다.

탁지아문은 1895년 2월 최초의 예산이 편성된 이후, 관제가 개정되어 대신 아래 5개 국을 두고 다시 그 아래 11개 과를 두는 방식으로 재편되었는데, 이때 명칭도 탁지부로 변경되었다. 이후에도 재정 일원화 정책이 지속적으로 추진되어 과거 독자적으로 운영되던 지방 재정과 군사 재정도 탁지부로 흡수되어 그 통제에 따르도록 바뀌었다.

그러나 아관파천으로 갑오정권이 붕괴하고, 대한제국 수립 이후 지속적으로 황제권 강화 정책이 진행되면서 탁지부의 위상은 점차 낮아졌다. 반면, 역둔토(驛屯土), 홍삼, 광산 등 많은 재원이 궁내부(宮內府)와 내장원(內藏院)으로 넘어감에 따라, 탁지부는 재정 부족에 시달리기 시작하였다. 내장원은 풍부한 재원을 바탕으로 탁지부에 부족한 자금을 빌려 주었고, 이 채무 관계를 바탕으로 재정 운영의 주도권을 장악할 수 있었다.

이러한 상황은 1904년 제1차 한일 협약(韓日協約) 이후 재정고문 메가타 다네타로(目賀田種太郞)가 부임하면서 바뀌기 시작하였다. 그는 통감부의 정책에 따라 황실 재정을 정리하기 시작하였는데, 이 과정에서 궁내부의 내장원으로 넘어갔던 재원들이 다시 탁지부로 귀속되었다. 그러나 이때 탁지부로 귀속된 재원들은 대한제국이 아닌 일제의 보호국화 정책을 위해 사용되었다.