영선사는 1895년 4월 2일에 반포된 궁내부 관제 제1호에 의거해서 제용원(濟用院) 산하의 토목 공사 및 수리에 관한 사무를 관장하는 관서로 처음 만들어졌다. 영선사는 주임관 1인이 장(長)을 맡고, 판임관 4인이 주사, 그리고 2~3명의 기사로 구성되었다. 1905년 3월 4일에 개정된 궁내부 관제에서는 칙임관 1인이 장(長)을, 3인의 주임관이 기사(1인), 기수(2인)를, 5인의 판임관이 주사를 맡는 구조로 바뀌었다.

영선사는 주로 궁궐 및 왕실 관련 능의 공사 및 보수와 환구단(圜丘壇) 제작을 관장했다. 고종(高宗, 재위 1863~1907)의 명령으로 1905년에는 을사늑약에 분개해서 자결한 민영환(閔泳煥)과 조병세(趙秉世)의 장례에 필요한 물품을 제작하기도 했다. 영선사는 1907년에 폐지되었다.