태종의 뒤를 이은 세종 또한 부왕의 억불책을 그대로 답습하였는데, 그 즉위 초에 몇몇 승려가 중국으로 숨어들어가 明의 成祖에게 국내의 심한 불교박해 사정을 호소한 일이 생겼다.⁵⁷⁸⁾≪世宗實錄≫권 6, 세종 원년 12월 경진 및 권 12, 세종 3년 5월 경진.

　명 성조가 독실한 奉佛者였기 때문에 세종은 그 환심을 사기 위하여 잠시 억불을 늦추고 회유책을 쓰기도 하였다. 그러나 세종은 곧 태종대에 마무리짓지 못했던 寺社田民의 나머지 문제들을 모두 처리하는 한편, 4년(1422)에는 고려왕조로부터 해마다 봄과 가울의 두 차례에 걸쳐 연례행사로 삼아왔던 도성 안의 徑行(街巷轉經巡行法會)을 폐지시켰다.⁵⁷⁹⁾≪世宗實錄≫권 15, 세종 4년 2월 병오.

　그리고 세종은 더욱 박차를 가하여 그 6년(1424)에는 태종대의 7宗을 선·교의 2종으로 폐합하고, 또 교단 통제기구였던 僧錄司마저 없애버렸다. 즉 같은 해 4월 5일에 禮曹의 계청을 받아들여 지금까지의 조계·천태·총남의 3종을 하나로 합쳐서 선종으로 삼고, 화엄·자은·중신·시흥의 4종을 합쳐 교종으로 통일하였다. 처음에 11종이 7종으로 되었다가 드디어 이 때에 선종과 교종의 둘로 묶여버렸는데, 선종·교종에 각각 18寺씩 배정하여 전국에 모두 36개 사원만을 남겨 놓았다. 이리하여 선종 18사에는 전답 4,250결에 승려 1,970명을 살게 하고, 교종 18사에는 전답 3,700결에 승려 1,800명을 머물게 하였다. 결국 종을 다 합해서 전국에 36사, 전토 7,950결, 승려 총 3,770명으로 제한한 것으로, 그 나머지는 모두 없애거나 국가에서 몰수하도록 조처하였다.

　그리고 이 때 고려시대부터 줄곧 불교 전체 교단의 최고 통제기구의 역할을 해왔던 승록사를 폐지하였다. 그리하여 서울 안의 興天寺를 선종의 都會所(總宗務本社)로 하고 興德寺를 교종의 도회소로 삼아서, 나이가 많고 덕행이 높은 승려로 하여금 양종 각각의 제반업무를 관장하게 하였다.⁵⁸⁰⁾≪世宗實錄≫권 24, 세종 6년 4월 경술. 지금까지 승록사가 총괄하던 교단통제 업무의 기능을 박탈하여 두 종단에서 따로따로 그 사무를 맡아보게 함으로써 통제적 기능을 분산 약화시켰다.

　세종은 그 뒤에도 선·교 양종에 종사하거나 도성 안에서 營繕 등의 역무로 거주하는 승려 외에는 도성내의 출입을 금하는 등 억불시책을 늦추지 않았으나,⁵⁸¹⁾≪世宗實錄≫권 49, 세종 12년 9월 기해·권 77, 세종 19년 5월 정미 및 권 81, 세종 20년 4월 계유. 그 개인으로는 중년 이후 불교를 신봉하였다.