중종이 즉위하자 그 생모 貞顯王后 尹氏는 연산군에 의해 팽개쳐졌던 불교의 위상을 만회하고자, 철폐한 절들을 복구할 것과 몰수한 절의 노비 및 토지를 되돌려 줄 것을 주장하였다. 왕도 처음에는 모후의 뜻을 따르고자 하였으나, 원래 나약한 성품인데다가 반정공신들의 반대로 그 뜻을 관철하지 못하였다.

　중종 2년(1507) 정묘의 식년에 僧試를 시행하지 않음으로써 연산군에 의해 중단되었던 僧科는 되살아나지 못하고 그대로 폐지되었다. 중종 5년에는 각 지방에서 혁파한 절들의 전토를 향교에 소속시켰고,⁵⁹⁰⁾≪中宗實錄≫권 10, 중종 5년 3월 임신. 7년에는 흥천사와 흥덕사의 큰 종을 녹여 銃筒을 만들게 하였다.⁵⁹¹⁾≪中宗實錄≫권 16, 중종 7년 윤6월 을축. 그리고 중종 초부터 여러 차례 조신들의 요청이 있었으나 허락하지 않았던≪경국대전≫에서의 度僧條⁵⁹²⁾≪經國大典≫권 3, 禮典 度僧.를 삭제하게 하였다.⁵⁹³⁾≪中宗實錄≫권 27, 중종 11년 12월 임술.

　≪경국대전≫의 도승조에는 승려가 된 사람에게 도첩을 발급하는 일과 3년마다 시행하는 승과와 諸寺의 주지에 관한 문제 등의 세 가지가 다루어져 있기 때문에 이 세 가지 규정을 없애는 것은 국가에서 불교를 폐기한다는 뜻이 된다. 그러나 실은 당시의 불교 교단인 양종과 도승이 진작부터 폐기된 상태였으니, 중종이 “이 법(도승법)이 폐기된 지는 이미 오래이며 이 뒤에도 또한 다시 쓰지 않을 것이다”라고 하였고,⁵⁹⁴⁾≪中宗實錄≫권 9, 중종 4년 윤 9월 경신. 사헌부에서도 계를 올려 “선·교 양종이 혁파된 지 이미 오래 되었다”라고 한 사실⁵⁹⁵⁾≪中宗實錄≫권 21, 중종 10년 3월 무인. 등에서 알 수 있다. 또 중종 11년에 僧徒의 推刷와 사찰을 불태워 없애는 일에 관해 논의하게 되었을 때, 領事 鄭光弼은 지금 양종과 그 승도가 이미 없어져서 다시는 興行하지 못할 것이며 불교의 쇠퇴함이 극에 이르렀다고 할 수 있는데 굳이 절을 태울 필요는 없다고 할 정도였다.⁵⁹⁶⁾≪中宗實錄≫권 25, 중종 11년 7월 갑진. 이는 당시의 불교가 국가로부터 어떠한 대우를 받고 있었는가를 보여주는 단적인 사례이다.

　한 마디로 말해서 연산군에 의해 버림받았던 불교는 중종에 의해≪경국대전≫의 관계조항마저 삭제됨으로써 합법적으로 그 교단(양종)이 없어지기에 이른 것이다.