조선청년총동맹 창립 당시에는 복수단체(연합기관)는 물론 개별단체까지도 모두 청총에 가입하는 방식이었다. 이에 대해 고려공청은 청년운동을 보다 통일적이고 (민주주의적) 중앙집권적인 것으로 체계화하는 데 노력했다. 그리하여 고령공청은 창립 이후 전국의 청년단체를 지역별·직업별/1면 1회－군·부연맹－도연맹－총동맹의 형태로 묶기로 했다.

　구체적으로는 크게 도시와 농촌으로 지역을 구분하고 도시의 경우 일정한 지역별(구역별)로 청년들을 조직하는 동시에 노동청년은 직업별로 조직하며, 농촌의 경우는 ‘1면 1회’의 표준에 의해 조직하는 것이었다. 전국의 군·부행정단위를 기준으로 지역 내 지역별·직업별 청년단체를 망라하여 군·부청년연맹을 만들고 이를 단위로 해서 도연맹을 조직하며, 도연맹을 기초로 조선청년총동맹을 결성하는 것이었다.

　이때 군·부연맹 내에는 공청원이 들어가 공산주의 사상을 교양하는 활동을 하며, 도연맹은 공청에서 직접 지도하도록 했다.⁷²⁸⁾ 도연맹에 대한 고려공청의 직접 지도방침은 1927년 4월 전라북도 청년연맹에서도 확인할 수 있다. 전라북도연맹은 한때 도위원회 체제를 취하려 했는데, 이때 선출된 준비위원 11명 가운데 8명이 공청 및 당원이었음을 확인할 수 있다：林赫根(조공 전북도당 책임)·李平權(고려공청 전북 책임)·李明壽(조공 및 고려공청 군산 책임)·朴泰華(고려공청 전주 책임)·趙龍雲(전주 고려공청원)·鄭乙(김제 고려공청원)·金世民(군산 조공 및 고려공청원)·崔宗奎(군산 고려공청원)·송시용·최성룡·한철종. 이는 청년단체를 통일적으로 중앙집권화하여 청년운동 초기의 자연발생성을 극복하고자 한 것이었다. 이에 대해 서울파는 또 하나의 청년총동맹을 만들기 위한 ‘제2청총론’이라고 비판하였다. 따라서 고려공청은 서울파와 이론적으로 ‘政策戰’을 전개해 나가기로 했다. 이러한 방침의 영향을 받아 청총은 1926년 3월 ‘공장/농촌－지부(직업별·산업별/리단위)－노동청년회(구역별)/농민청년회(면단위)－군·부청년연맹－도연맹－청총’의 방침을 내놓았다.

　고려공청은 1926년 8월 서울신파를 중심으로 한 고려공산청년동맹과 합동을 하고 청총에 일반 민족주의 청년단체도 함께 할 수 있도록 강령을 수정하기로 했다. 12월 고려공청 중앙위원회를 재구성한 뒤 혼합·직업별·산업별 청년단체를 지역별 청년단체로 정리하기로 결정했다. 이에 따라 1927년 8월 청총 제3년도 제1회 집행위원회를 통해 ‘반－지부－군·부동맹－도연맹－총동맹’의 조직방침을 공개적으로 선언하였다.

　지부와 반 설치의 경우, 농촌은 洞里의 거주지별로, 도시는 공장·회사 등의 생산현장을 단위로 군·부동맹원 5인 이상인 곳에 반을 설치하고, 동일 지역 내에 2개 이상의 반이 존재하면 지부를 설치하도록 했다. 이것은 종래의 청년운동 방향을 전환하여 ‘무산계급적’ 청년운동에서 ‘전민족적 청년운동’으로 확대하면서 동시에 전국적으로 청년단체를 완전한 중앙집권적 단일조직체로 한다는 것이다. 그러나 청년운동의 지도성은 마르크스주의에 기초한 무산계급 청년에게 있었다.

　이에 대해 경성청년회를 중심으로 한 사회주의 청년들은 계급적 조직과 강령을 고수하였다. 그들은 1927년부터 고려공청의 청년단체 조직방침을 가리켜 ‘자유연합주의적 조직형태’라고 비난해왔다. 1928년 1월 21일에는＜모든 修正派들의 기회주의적 연합전선을 攻함＞이란 성명서를 경성청년회 집행위원회 이름으로 발표하였다. 그들은 군·부동맹 방침을 주장하는 세력에 대해 ‘수정파적 기회주의자’, ‘멘세비키적 조류’라고 비판하면서, 모든 부문운동에서 민족주의적 색채를 절대 배격하고 계급우선주의를 선언하였다.

　그들은 계급적 강령에 기초해 직업별 청년단체를 조직하여 ‘프롤레타리아트 헤게모니의 확립과 프로 민주주의적 중앙집권제의 원칙’ 아래 청총을 재조직할 것을 주장했다. 즉 군·부청년동맹 대신에 각 지역의 직업별 청년단체를 바탕으로 한 군·부위원회의 설치, 다시 말해서 ‘직업별청년회－군·부위원회－도위원회－조선청년총동맹’의 조직방침을 주장했다.⁷²⁹⁾≪중외일보≫, 1928년 2월 1·8일. 조선청년총동맹과 군·부 청년동맹에 종교청년단체나 기타 부르주아 청년을 혼합하는 ‘초계급적’ 태도는 ‘청산주의적 타락’이고 ‘계급적 표식의 철거’라고 비난하였다(金平山,＜이렇게 수정파 조류에 대립한다－프로운동 모든 자립성을 엄수하기 위하여－＞(1∼11),≪중외일보≫, 1928년 2월 7일∼19일). 이에 따라 서울과 경북 상주, 함남 영흥, 경기 안성 등 일부 지역에서는 군·부청년동맹론자와 군·부위원회론자들 사이에 격렬한 대립이 발생하기도 했으나 곧 군·부청년동맹론으로 일반화 되었다.