1112년(예종 7)에 설치하였고, 충선왕(忠宣王, 재위 1298, 1308∼1313) 대에는 사의서(司醫署)에 속하게 하였다가, 1391년(공양왕 3) 혜민전약국(惠民典藥局)으로 이름을 바꾸어 일반 진료에 종사하게 하였다. 판관 4명을 두었다.

조선 시대 들어 태조(太祖, 재위 1392∼1398) 대에 혜민고국(惠民庫局)으로 재설치되었고, 이후 혜민국으로 불렸다. 세조(世祖, 재위 1417∼1468) 대에 혜민서(惠民署)로 명칭을 바꾸어 이후 조선 시대 내내 백성들의 질병 치료를 담당하는 역할을 수행하였다.