나. 일본 간본
≪동의보감≫이 언제 일본에 전해졌는지는 정확하게 알 수 없다. 일본정부에서 기록한≪接待事目錄抄≫의 “현종 3년(1662)에≪동의보감≫과≪의림촬요≫를 조선에서 가져 왔다”는 것이≪동의보감≫의 일본 전래를 알려주는 첫 기록이다. 그렇지만 일본에서≪동의보감≫을 처음으로 간행한 것은 1724년의 일이다. 京都書林에서 찍어낸 이 책에 실려 있는 藤原信篤의 서문에 의하면, “≪동의보감≫은 조선국 허준이 편집한 것으로 내경·외형·탕액·침구·잡병 등 다섯 편으로 나누어 고금의 여러 설을 손바닥 위에서 살펴보고 있다. 의료 시술에 큰 도움이 되리라 생각하여 醫官法眼 源元通에게 명하여 訓點을 가하여 간행하게 했다”고 하였다.
그 후≪동의보감≫은 1799년에 大阪書林에서 다시 간행되었고, 일본 江戶시대 의술인들의 필독서로 널리 유포되었다.